在當時和以後都有一部分史學家不同意顧頡剛等古史辨派的觀點。廣義的“疑古派”中與古史辨派由於插入點不同而相對的是所謂的信古派，主要由以柳詒徵、竺可楨等為導師的南高史地學派構成。南高史地學派和學衡派交融密切，學衡派中的歷史學家包括柳詒徵、梁啟超、王國維、陳寅恪、繆鳳林等，此外還有考古派、釋古派也屬於廣義的疑古派。也有人士認爲至少早期的古史辨派觀點過於激進，受五四思潮影響超越了嚴謹的學術研究方式，後來顧頡剛在編《古史辨》時他也承認“我的野心真太高了”，“我真成了誇大狂了”。

而在史學界以外，則有相當數量的人士以學術以外的理由對古史辨派表示不滿，其中包括認爲“疑古”是不尊重傳統的保守派，也有認爲辯國史會削弱民族凝聚力的民族主義論調，例如認爲古史辨派是中了西方或日本的文化入侵的圈套、步日本人之后尘，见日本人抹杀中国史就人云亦云（也有文揭露《古史辨》中收录的几篇抄袭和剽窃日本原文的文章）。[2]魯迅曾謂，“其實，他（指顧頡剛）是有破壞而無建設的，只要看他的《古史辨》，已將古史‘辨’成沒有。